在阿拉德大陆的编年史中，使徒是威胁世界存亡的恐怖存在。其中第五使徒希洛克，掌控光与暗的极致力量，她栖居于悲鸣洞穴，以强大的精神能量扭曲了周围的一切活物，使其成为疯狂的傀儡。无数冒险家与帝国士兵试图讨伐，均以惨败告终，悲鸣洞穴也因此成为禁地。
黑色圣战的直接导火索，是帝国皇帝里昂·海因里希三世的一次秘密军事行动。他派遣帝国最强剑士巴恩·巴特克率领精锐小队潜入悲鸣洞穴，意图彻底消灭希洛克，以彰显皇权至高无上。然而帝国军低估了使徒的恐怖，整支小队几乎全军覆没，只有巴恩侥幸逃脱，却也因此背负了沉重的心理创伤。
就在此时，来自虚祖国的神箭手卡坤、天界的机械师等一系列英雄响应了冒险家联盟的号召，组成了临时讨伐队。在经历了一系列惨烈战斗后，他们终于突破了希洛克布下的精神迷宫。希洛克在濒死之际，展现出她最真实的本体——一朵哭泣的花朵，她的话语揭示了幕后的黑手：她被第一使徒卡恩和第四使徒卡蒂亚联手驱逐到魔界，又被赫尔德的预言所迫，流落至阿拉德大陆。
最终，希洛克被冒险家击败，其灵魂碎片散落各地，其中一部分被艾丽丝所吸收，另一部分则化作灾难与痛苦的种子。黑色圣战看似胜利，却带来深远影响：悲鸣洞穴的怨念之气外泄，导致使徒污染的怪物横行；同时，希洛克的死亡激活了赫尔德的“伟大的意志”计划，她需要九位使徒的死亡来重构魔界，并最终实现她所谓的“完美世界”。
这一事件让冒险家开始怀疑使徒是否真的都是邪恶的。事实上，希洛克并非主动侵略者，她只是被命运和阴谋推到绝境的牺牲品。黑色圣战之后，贝尔玛尔公国陷入动荡，帝国趁机扩张，而冒险家联盟内部也因理念分歧产生了裂痕。一些觉醒者开始调查赫尔德的真实面目，为日后《时空之门》和《魔界大战》等版本埋下了伏笔。
黑色圣战不仅是DNF历史上第一个让玩家真正面对使徒的战役，更开创了“使徒并非绝对反派”的叙事先河。从这之后，每一个使徒的死亡都伴随着玩家对真相的进一步挖掘，使徒与阿拉德、魔界之间的古老盟约和悲壮往事逐渐浮出水面。可以说，没有黑色圣战，就没有后续史诗般的剧情脉络。